A falu és környéke régóta lakott terület, de eddig települési idejét nem sikerült pontosan megállapítani. A Lél törzshöz tartozó Szemere és Szoárd hadnagyok birtokának határmezsgyéje volt e terület. 1216-ban apátsági birtokként szerepelt III. Ince pápa összeírásában, Zászló (Zazlon) néven. Ugyanez a helységnév található Albens mester 1237 körül keletkezett jegyzékében is, ahol Gönyűvel határos helységként említik.

Zászló részletesebb leírása csak 1240-ig maradt ránk, melyből kiderül, hogy ennek a településnek 2 ház lovasszolgája, 10 ház udvarnoka és 2 juhásza volt. 1242-es esztendőt követően nincsenek további adataink, s minden bizonnyal a tatárjárás idején ez a nevű vidék kipusztult. Valószínűleg az itteni lakosság a győri várba menekült a portyázó tatárok elöl, hátuk mögött hagyva a települést.

Van még egy nyom, egy Öreg-Szentjánosnak nevezett helyről, mely népes puszta volt a mai Krémer-major helyén. Ezt a II. András uralkodása alatt "Oppidum Atti Joannis"-ként említették. Érdekessége Öreg-Nagyszentjánosnak, hogy volt egy temploma, melyet átalakítottak várszerű építménnyé, s a szóbeszéd szerint innen alagút vezetett a pannonhalmi várba. Minden bizonnyal ez a település is hadakozó népek áldozata lett, mégpedig a törököké. 1627 körül Ali Csauoz ugyan benépesítette ezt a területet, de Kara Mustafa tábora újra elpusztította, s soha többé fel sem épült.
A XVII. század közepe táján az Eszterházyak földművelő- és állattenyésztő telepeseket költöztettek a hajdani Öreg-Szentjános környékére. Ekkortájt épült fel – szintén a grófi család ténykedésének köszönhetően – Felsőszentjános puszta is. A század végén létesült még egy tanya, mely az Alsószentjános elnevezést kapta, jelezve, hogy a két település egy gazda alá tartozik. Ezek a helységek a mai napig fennállnak, csupán nevük változott meg, Nagy- és Kisszentjánosra. A XIX. század elején Nagyszentjános egyik tanyáját az Eszterházy család Majk pusztáért cserébe Lichtenstein hercegnek adta. Így keresztelték el ezt a területet Majkszentjánosnak.

Az 1800-as évek elején a településen már állhatott a grófi kastély, hiszen 1809-ben a kismegyeri csata után francia tisztek laktak benne. A század második felében körülötte öt cselédház, s ugyanennyi istálló is épült. A birtokot 1870-ben Eszterházy Móric bérbe adta 50 évre Auspitz Pálnak, aki a gazdaságot szeszgyárral bővítette. Ezenkívül 1880 körül malomgyár is létesült itt. Sőt 1856-ban az épülő Budapest-Bécs vasútvonal mellett Nagyszentjános is állomást kapott. Így a település az eddiginél nagyobb mértékben bekapcsolódott az ország vérkeringésébe. Ettől kezdve indult meg a falu fejlődése, s vált egyre vonzóbbá az ide időszaki munkára érkezők számára.

Főleg az 1920-as évektől szivárogtak ők a településre Vas- és Zala megyéből. Kezdetben egy-egy hónapra jöttek, majd magukkal hozva családjukat letelepedtek a helységben. 1945 után szintén sokan választották otthonuknak Nagyszentjánost, hisz az itt megalakuló Állami Gazdaság (1949) munkát tudott biztosítani mind a környéken lakóknak, mind pedig a messziről jötteknek (Vas- és Zala megye, Nyírség).

Mivel a lakosság száma folyamatosan nőtt, biztosítani kellett az alapvető ellátásokat. 1953-ban vezették be a villanyt, felépítették az emeletes iskolát, s 1969-től óvoda is működött a faluban. Nagyszentjánosnak 1989-ig közös tanácsa volt Gönyűvel, majd 1990-ben alakíthatott önálló önkormányzatot.